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  • Troudet, J., Vignes-Lebbe, R., Grandcolas, P., & Legendre, F. (2018). The increasing disconnection of primary biodiversity data from specimens: How does it happen and how to handle it?. Systematic biology, 67(6), 1110-1119.

  • Jouveau S., Delaunay M., Vignes-Lebbe R. & Nattier R., (2018). A multi-access identification key based on colour patterns in ladybirds (Coleoptera,Coccinellidae). ZooKeys . N° 758, p. 55-73. ISSN: 1313-2989. https://dx.doi.org/10.3897/zookeys

  • Troudet, J., Grandcolas, P., Blin, A., Vignes-Lebbe R.& Legendre F. (2017). Taxonomic bias in biodiversity data and societal preferences. Scientific reports 7 (1), 9132.

  • Joly, P., & Vignes-Lebbe, R. (2017). Les collections muséologiques. In M. Bouzeghoub & R. Mosseri (Eds.), Les Big Data à découvert (pp. 50-51). Paris: CNRS.

  • Vignes-Lebbe, R. (2017). Langage naturel, langage formel et description du vivant. In T. Gaudin, D. Lacroix, M.-C. Maurel & J. C. Pomerol (Eds.), Sciences de la Vie et Sciences de l'Information . London: ISTE Editions.

  • Diep Thi M-H., Gurgand J., Vignes Lebbe R., Nguyen H-P., Nguyen B-L., Haevermans T. (2016). Bambous d'Indochine: descripteurs morphologiques pour l’identification. Science and Technology Commitee. Viet nam National University of Ho Chi Minh city. 269 p. ISBN 978-604-73-4238-9

  • Vignes Lebbe R., Chesselet P., Diep Thi M-H. (2016). Xper3: new tools for collaborating, training and transmitting knowledge on botanical phenotypes. In "Botanists of the twenty-first century: roles, challenges and opportunities", Noëline R. Rakotoarisoa, Stephen Blackmore and Bernard Riera editors, UNESCO, Paris ISBN 978-92-3-100120-8. 228-239

  • 2015 Lecointre, G. De Wever, P. Ekström, S. Gargaud, M. Gounelle, M. Klein, E. Longo, G. Martin, H. Pavé, A. Walliser, B. Zanda,B. & Zaragüeta Bagils, R. : Catégories et classification face au changement. Chap. 13 in Gargaud, M. & Lecointre, G. (dir.) : L’évolution, de l’univers aux sociétés. Objets et concepts. Editions Matériologiques.

  • 2015 Cecca, F. & Zaragüeta Bagils, R.: Paléobiogéographie. Collection Géosphères dirigée par P. de Wever. EDP Sciences, Paris.

  • 2015 Zaragüeta, R. : Les deux biogéographies. Biosystema 30, Editions Matériologiques.

  • 2015 Rineau, V, Grand, A, Zaragüeta Bagils, R., Laurin, M.. :Experimental systematics: sensitivity of cladistic methods to polarization and character ordering schemes. Contributions to Zoology, 84 (2) 129-148

  • Cavoto, P., Cardoso, V., Lebbe, R. V., & Santanchè, A. (2015). FishGraph: A Network-Driven Data Analysis. In Proc. 11th IEEE e-Science (pp. 1–10). Munich.

  • 2015 Ung, V, Zaragüeta Bagils, R., Williams, D. : Comparative biogeography of Southeast Asia and the West Pacific region. Biological Journal of the Linnean Society.

  • Grand, A.; Lebbe, R.V.; Santanche, A., "From Phenotypes to Trees of Life: A Metamodel-Driven Approach for the Integration of Taxonomy Models," in e-Science (e-Science), 2014 IEEE 10th International Conference on , vol.1, no., pp.65-72, 20-24 Oct. 2014 doi: 10.1109/eScience.2014.48

  • 2014 Grand, A, Zaragüeta Bagils, R., Duque-Velez, L., Ung, V. : A cladistic re-analysis of the Gadiformes (Teleostei, Paracanthopterygii) using three-item analysis. Zootaxa 3889:525-552.

  • 2014 Thacker RW, Díaz MC, Kerner A, Vignes-Lebbe R, Segerdell E, Haendel MA, Mungall CJ. 2014. The Porifera Ontology (PORO): enhancing sponge systematics with an anatomy ontology. Journal of Biomedical Semantics 5:39. doi: 10.1186/2041-1480-5-39.

  • 2014 Corvez A & Grand A. 2014. Enabling comparisons of characters using an Xper2 based knowledge-base of fern morphology. Phytotaxa 183 (3): 145-158.

  • 2014 Chrétiennot-Dinet M-J, Desreumaux N, Vignes-Lebbe R. An interactive key to the Chrysochromulina species (Haptophyta) described in the literature. PhytoKeys 2014;(34):47-60. doi:10.3897/phytokeys.34.6242.

  • 2013 GBIF France (L’équipe GBIF France 2013 comprend Anne-Sophie Archambeau, Eric Chenin, Marie-Elise Lecoq, Pere Roca Ristol, et Régine Vignes Lebbe). Le GBIF : Ouvrir l'accès aux données primaires sur la biodiversité. Networks and Communication Studies, NETCOM, vol. 27 (2013), n° 1-2, pp. 154-164.

  • 2013 Thomas Burguiere, Florian Causse, Visotheary Ung, and Régine Vignes-Lebbe, 2013: IKey+: A New Single-Access Key Generation Web Service Syst Biol (2013) 62(1): 157-161.PDF

  • Zaragüeta-Bagils R., Ung V., Grand A., Vignes-Lebbe R., Cao N., Ducasse J, 2012 : LisBeth : New cladistics for phylogenetics and biogeography. C.R Palevol 11(8):563-566.

  • Mathieu Bruno, Cêtre-Sossah Catherine, Garros Claire, Chavernac David, Balenghien Thomas, Carpenter Simon, Setier-Rio Marie-Laure, Vignes-Lebbe Régine, Ung Visotheary, Candolfi Ermanno and Delécolle Jean-Claude, 2012. Development and validation of IIKC: an interactive identification key for Culicoides (Diptera: Ceratopogonidae) females from the Western Palaearctic region. Parasites & Vectors 2012, 5:137 doi:10.1186/1756-3305-5-137

  • Kerner, A., 2012 : Archaeocyatha, a computer-aided identification of genera. Geologica Belgica, 15:(4)209-214.

  • Kerner, A., Vignes-Lebbe, R., & Debrenne, F., 2011 : Computer-aided identification of the Archaeocyatha genera now available online. Carnets de Géologie/Notebooks on Geology, Brest, Letter, 2:99–102.

  • Kerner, A., Debrenne, F., & Vignes-Lebbe, R., 2011: Cambrian archaeocyathan metazoans: revision of morphological characters and standardization of genus descriptions to establish an online identification tool. Zookeys, 150:381-395.

  • Nimis P.L., Vignes Lebbe R. (eds.), 2010 : Tools for Identifying Biodiversity: Progress and Problems. ISBN 978-88-8303-295-0, EUT, 455 pp. Télécharger

  • Ung V., Dubus G., Zaragüeta-Bagils R. & Vignes-Lebbe R., 2010 : Xper²: introducing e-Taxonomy. Bioinformatics, Vol. 26, Num.5: 703-704.

  • Diep M.H., Vignes Lebbe R., Nguyen H.P. et Nguyen Thi B.L., 2010. « Indochinese bamboos: biodiversity informatics to assist the identification of « vernacular taxa », in Tools for Identifying Biodiversity: Progress and Problems 2010. 213-216.

  • Zaragüeta-Bagils R., Bourdon E., Ung V., Vignes-Lebbe R. et Malécot V., 2009 : Comments on the International Code of Area Nomenclature. Journal of Biogeography, 38 : 1617-1619.

  • Khalloufi, B., Zaragüeta Bagils, R. & Lelièvre, H., 2010 : Rhombichthys intoccabilis, gen. et sp. nov. (Ellimmichthyiformes, Clupeomorpha, Teleostei) from the Cenomanian (Upper Cretaceous) of Ein Yabrud, Middle East. Anatomical description and phylogenetic implications. Journal of Vertebrate Paleontology, 30(1) : 57–67

  • Cao N., Bourdon E., El Azawi M., & Zaragüeta-Bagils R., 2009 : Three-item analysis and parsimony, intersection tree and strict consensus: a biogeographical example. Bulletin de la Société Géologique de France, 180 (1) : 13-15

  • Morille C. H., Dequaire A., Hortault G., Péquignot A. & Aragon S. 2008 : Un conservatoire de faune. La collection zoologique de l’Université Pierre et Marie Curie (Paris VI) in Actes des 2ème Journées Cuénot, Aujourd’hui, les collections scientifiques. Muséum-Aquarium de Nancy – Université de Nancy : 81-97

  • Cao N., Le Péchon & Zaragüeta-Bagils R., 2008 : Does minimizing homoplasy really maximize homology? MaHo: A method for evaluating homology among most parsimonious trees. Comptes Rendus Palevol, 7 : 17-26

  • Lelièvre H., Zaragüeta-Bagils R. & Rouget I., 2008 : Temporal information, fossil record and phylogeny. Comptes Rendus Palevol 7 : 27–36

  • Zaragüeta-Bagils R. & Bourdon E., 2007 : Three-item analysis: Hierarchical representation and treatment of missing and inapplicable data.Comptes Rendus Palevol 6 : 527–534

  • Cao N., Zaragüeta-Bagils R. & Vignes-Lebbe R., 2007 : Hierarchical representation of the hypotheses of homology. Geodiversitas 29 (1) : 5-15.

  • Jacques F. Gallut C. Vignes-Lebbe R. & Zaragüeta-Bagils R., 2007 : Resolving phylogenetic reconstruction in Menispermaceae (Ranunculales) using fossils and a novel statistical test. Taxon 56 (2) : 379-392

  • Zaragüeta-Bagils R., Bourdon E., Rouget I & Lelièvre H., 2006 : Arbres phylogénétiques et chronologie. Géochronique 98: 44-45.

  • Zaragüeta-Bagils R., Lelièvre H. & Tassy P., 2004 : Temporal paralogy, cladograms, and the quality of the fossil record, Geodiversitas 26, 381-389

  • Vignes-Lebbe R. 2000 – Caractère pour le biologiste, caractère pour l'informaticien. In Barriel V. & Bourgoin T. (eds). Biosystema 18. Société Française de Systématique. Paris: 61-70.

  • Vignes-Lebbe R., Rechenmann F., Gautier C. & Tillier S. 2000 – Informatique et Systématique, in Tillier S. (ed) Systématique : ordonner la diversité du vivant. Editions Tec & doc. Paris: 132-143.

  • Lebbe J. 1991. Représentation des concepts en biologie et médecine. Introduction à l'analyse des connaissances et à l'identification assistée par ordinateur. Thèse de doctorat, spécialité Sciences de la vie. Université Pierre et Marie Curie Paris 6. Paris. 281

  • Lebbe J. & Vignes R. 1991 – Génération de graphes d'identification à partir de descriptions de concepts. In Curie U. P. E. M. (ed) Induction Symbolique et Numérique. Kodratoff, Y. Et Diday, E. Paris: 193-239.

  • Vignes R. 1991. Caractérisation automatique de groupes biologiques. Thèse de doctorat. Université Pierre et Marie Curie. Paris. 268.